孙坚坚持提刀，大步奔向岸边，一面走，一面向东向西招手，好像正分派部署，对海盗进行包抄围捕一样。海盗们远远望见这情形，认为是官兵来缉捕他们，惊慌失措，扔掉财物，四散奔逃。孙坚不肯罢休，追杀一名海盗而回，众人皆震，其父更是大惊。

此事也逐渐在吴地传开。孙坚却因此声名大振，郡府招为代理校尉之职。

熹平元年（172年），会稽郡人许昌在句章兴兵作乱，自称阳明皇帝，与其子许韶一起四处煽动诸县，聚集起同伙数以万计。

孙坚以郡司马的身份召募精勇壮士千余人，会同州郡官兵，协力讨伐，击溃了这股势力。扬州刺史臧旻向朝廷呈报了孙坚的功劳，于是，孙坚被任命为盐渎县丞，数年后，又相继改任盱眙县丞和下邳县丞。

孙坚历任三县县丞，所到之处，颇有声望，官吏百姓也愿意亲近顺服。同他往来的人，非常多，有乡里耆旧名人，也有任侠好事的少年。孙坚对他们，像对待亲友、子弟一样。接待抚养老人，尽心尽力。这种好名声，也为后来孙策迅速荡平吴地，奠定了基础。

黄巾起义时，车骑将军皇甫嵩、中郎将朱儁奉调围剿威胁洛阳的黄巾军波才部。朱儁奏请孙坚担任佐军司马。孙坚把他的家眷都留在九江郡寿春县，在淮、泗一带招募士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千余人，包括一直跟随自己的黄盖、祖茂。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。

孙坚作战悍猛，常置生死于度外。此时汝颍的黄巾军，固守宛城。孙坚领兵进攻，其独当一面，亲冒矢石，率先登上城墙。其部众受此鼓励，纷纷紧随其后，攻下了宛城。朱儁把孙坚的事迹全部呈报给朝廷，朝廷任命孙坚为别部司马——别部司马就像后世的独立团一样，可以有三千人的正式编制，关键是不受上官辖制，可以自行独立作战。