在经过了十几天的追逐战之后，柳生宗矩终于发现了明军的人数并不多，就放慢了脚步，打算和明军慢慢耗一下子，对于前面骚扰的明军开始布防，为了保证有反击的能力，便开始集结收束部队，并且大肆抢劫老百姓的粮食，准备和明军一搏。宋献策看出了柳生宗矩的阴谋，就把出去袭击的部队增加到以千户为单位，再加上山地步骑营的机动性非常好，倭国人设了几次埋伏，对这些彪悍的士兵也没有起到太大作用，反倒自己损失了不少士兵。

朱由检的运气有点背，当他领着一百多人袭击倭国人抢粮队的时候遇到了埋伏。当时他看到一队押着粮食的倭国士兵向一个村子走过去，他就带队悄悄的跟了上去，村子里一会就燃起了大火，哭叫声一片，朱由检就带兵冲了过去，当他消灭掉这支抢粮队时，发现自己被包围了。朱由检冷静的看了一下四周的地形，就选择了向最薄弱的地方冲击，好在这些亲兵都是骑兵，而且都是精锐士兵，冲破包围圈并没有费多大力气。不过冲破一层后发现还有一层包围圈，接连冲过三层包围圈以后，终于有些人困马乏了。而这时倭国人的士兵又围了上来，就在朱由检准备拼死一搏的时候，宋献策带领的一个千户赶到了，一个冲锋就到了朱由检跟前，终于把朱由检抢救了出去。

当终于攒够了三天的干粮，柳生宗矩就集中了十几万士兵对着后方的熊廷弼开始了反击，熊廷弼接到宋献策的消息后，早就做好了准备，在预设的战场上，同倭国人开始了正面的较量。在全州道的北部近二十里的战线上，倭国人发动了第一次反击，结果自然是悲剧性的，缺乏了火炮和火枪的倭国人，只能靠猪突式的突击冲锋，但是面对明军的手摇机枪和可以快速发射的击发枪，再加上迫击炮的轰炸，基本上就到不了阵地前面三十丈的距离。连续三天的反击，损失了近十万士兵的生命以后，柳生宗矩彻底就丧失了战斗的信心，交代士兵投降后，就刨腹自杀了，同时自杀的还有多本忠正、神原康盛、酒井家次，他们感觉太对不起德川家族了，唯有一死相报，或者说以死谢罪罢了，不过正是由于他们的自杀留下了更大的后患。

收到了倭国人投降的通告，熊廷弼指示停止攻击，等待着倭国来人接洽，等了半晌也没有消息，还以为倭国人变卦了呢，等到安排人到倭国的军营一看，原来当官的都自杀了，士兵们反倒是都呆在营房里饿着肚子等待接受呢。熊廷弼让他们排队等着吃饭，点了一下人数，竟然有近二十万人，至于其他的三十万人都在先前的战争中死去了。

高句丽由于宫变引起的战争终于结束了，整个王室被倭国人屠杀殆尽，而住在全州道的王室远房族人企图继承王位的人，被宋献策用计证明他们没有继承权，且有冒名顶替的嫌疑，全部杀掉之后，就再也没有人敢来要求继任高句丽王了。战争总是残酷的，倭国人在这场侵略高句丽战争中，前后损失了五十多万青壮年，高句丽损失了南部整个人口的一半，留下了无数的孤儿寡母。熊廷弼被任命为高句丽总督，负责处理高句丽的善后事宜，俘虏的倭国人暂且留在高句丽当劳力，让他们帮助当地人盖房子、修路，等到明年在安排其他的活计。海军回国，八万路地上大军留在当地，允许他们和那些当地女人结婚生子，最多可以娶三个妻子。赖幕布和多尔衮带领的族人也可以南下，也允许他们和当地人通婚，不过每个人最多只能娶一个当地女人为妻，自己的族人则不限制。

倭国人侵略高句丽的后果是很严重的，五十万的军队丧失在高句丽以后，德川幕府的势力受到极大的打击，尤其是三位功劳最大，势力最强的重臣多本忠正、神原康盛、酒井家次的死亡，让自己家族的其他嫡系争夺了控制权，再加上刚被推翻不久的丰臣氏家族蠢蠢欲动，倭国的政坛上又开始了混乱。得到了锦衣卫密探传来的消息，朱有孝就开始了秘密的布置。

牛金星再次出马，他的目标是倭国，带着大批的土特产品来到了倭国，先是在京都卖掉一些商品，然后就开始在倭国的其他城市转悠，利用那些精致的器物结交倭国的上层大名、武将等，尤其是那些丰臣秀吉时代的五大权臣除德川家族以外的另四家，尤其是前田利家的孙子，结果就不用说了，倭国在几年后三个岛上都出现了一个天皇，都建立了几个幕府，都开始从大明购买击发枪，二踢脚小炮，从新开启了新的战国时代。