同时人们还发现了许多奇怪的现象，如爆炸中心的树木并未全部倒下，只是树叶被烧焦；爆炸地区的树木生长速度加快；其年轮宽度由042毫米增加到5毫米以上；爆炸地区的驯鹿都得了一种奇怪的皮肤病枣癞皮病等等。不久二战爆发，库利克投笔从戎，在反法西斯战争中献出了宝贵的生命。前苏联对通古斯大爆炸的考察，也被迫中止了。二战以后，前苏联物理学家卡萨耶夫访问日本，1945年12月，他到达广岛，四个月前美国在这里投下了原子弹。看着广岛的废墟，卡萨耶夫顿然想起了通古斯，两者显然有着众多的相似之处：爆炸中人畜死亡，是核辐射烧伤造成的。爆炸产生的蘑菇云形相同，只是通古斯的要大得多。

特别是在通古斯拍到的那些枯树林立、枝干烧焦的照片，看上去与广岛上的情形十分相似。因此，卡萨耶夫产生了一个大胆的想法；他认为通古斯大爆炸是一艘外星人驾驶的核动力宇宙飞船，在降落过程中发生故障而引起的一场核爆炸。

此论一出，立即在前苏联科学界引起了强烈反应。支持者和反对者不乏其人。索罗托夫等人进一步推测该飞船来到这一地区是为了往贝加尔湖取得淡水。还有人指出，通古斯地区驯鹿所得的癞皮病与美国1945年在新墨西哥进行核测验后当地牛群因受到辐射引起的皮肤病十分近似，而通古斯地区树木生长加快，植物和昆虫出现遗传性变异等情况，也与美国在太平洋岛屿进行核试验后的情况相同。

六十年代，前苏联科学院多次派出考察队前往通古斯地区考察，认为是核爆炸的人和坚持“陨星说”的人都声称考察找到了对自己有利的证据，双方谁也说服不了谁。对于没有找到中心陨星坑的情况，有人认为坠落的是一颗彗星，因此只能产生尘爆，而无法造成中心陨星坑。

1973年，一些美国科学家对此提出了新见解，他们认为爆炸是宇宙黑洞造成的。某个小型黑洞运行在冰岛和纽芬兰之间的大西洋上空时，引发了这场爆炸。但是关于黑洞的性质、特点，人们所知甚少。“小型黑洞”是否存在尚是疑问。因此，这种见解也还缺少足够的证据。直到今天，通古斯大爆炸之谜仍未解开。爆炸遗址令人惊讶的是，当时只有很少的科学家对这个冲击感到兴趣，大概是因为通古斯地区过于偏远。就算当时有任何对这地区的调查，那些记录也应该会在接下来混乱的时代遗失第一次世界大战、俄国革命和俄国内战。

现存第一个对此地区最早的调查已经是几乎20年后了。1921年，俄罗斯科学院的矿物学家到达通古斯河地区，并在这个地区调查当时陨石撞击的确切地点。由于资金缺乏问题，他们用陨石上的铁可能解救苏联工业的理由，说服苏联政府对科学调查队给予资金。kuik的调查队在1927年终于找到爆炸地点。让他们惊讶的是，没有发生任何陨石坑。烧焦枯死的树横跨了大约50公里。少数靠近爆炸中心的树没有倾倒，它们的树枝和树皮则被脱去。倾倒的树则是向爆炸中心相反的方向倾倒。

接下来10年，有另外3支队伍被派到这一地区。kuik发现一个小沼泽可能是陨石坑，但在排光其中的水后，他在底部发现一些树木残枝，所以确定那不是陨石坑。1938年，kuik又找人来空照整个区域，显示树是以一个像蝴蝶的巨大形状倾倒，然而他仍然没有发现任何陨石坑。

50和60年代的调查队在这个地区发现了极小的玻璃球洒在土地上。化学分析显示球内含有大量的镍和铱在陨石中常见的金属，而且也确定它们是来自地球以外的。另外由gennadypekhanov所领导的研究队发现并没有辐射异常的迹象，这表示这并不是自然的核自爆现象。